Матричная структура чаще всего представляет собой наложение проектной структуры на постоянную для данной компании линейно-функциональную структуру управления, а иногда - в результате модификации дивизиональной структуры. Главный принцип формирования матричной структуры - развитая сеть горизонтальных связей и двойное подчинение исполнителей.

Достоинствами матричной структуры являются интеграция различных видов деятельности в рамках реализуемых проектов, достижение большей гибкости, усиление личной ответственности конкретного руководителя, получение высококачественных результатов по большому количеству проектов, программ, продуктов, сокращение нагрузки на руководителей высшего уровня управления путем передачи полномочий принятия решений на средний уровень. Но, в тоже время, матричная структура сложна для практической реализации, дорога во внедрении и в эксплуатации, в ней подрывается принцип единоначалия, что часто приводит к конфликтам, наблюдается тенденция к анархии, частичное дублирование функций, полноценный контроль по уровням управления, кроме этого структура считается абсолютно неэффективной в кризисные периоды.

Бригадная (кросс-функциональная) структура основывается на организации работ по рабочим группам (бригадам). Основными принципами такой организации управления являются автономная работа рабочих групп (бригад), самостоятельное принятие решений рабочими группами и координация деятельности по горизонтали, замена жестких управленческих связей бюрократического типа гибкими связями, а также привлечение для разработки и решения задач сотрудников разных подразделений.

Преимуществами бригадной структуры можно назвать сокращение управленческого аппарата, повышение эффективности управления, гибкое использование кадров, их знаний и компетентности, возможность применения эффективных методов планирования и управления и сокращение потребности в специалистах широкого профиля. Среди недостатков бригадной структуры отмечают усложнение взаимодействия и координации работ отдельных бригад, высокая квалификация и ответственность персонала, а также высокие требования к коммуникациям.